1983年，安徽省供销社恢复集体所有制性质，退出政府序列。1987年，安徽省体改办、省财政厅等八部门联合下发《关于进一步深化供销合作社改革的意见》，明确供销社改革重点是尽快办成农民的合作商业组织，为农村商品生产服务；尽快实现各级联社向经济实体转变，推行和完善经营责任制。此后，全省供销社恢复组织上的群众性、管理上的民主性、经营上的灵活性，在劳动人事制度、农民入股、经营服务范围、按劳分配和价格管理五方面进行突破性改革，探索发展为商品生产的系列化服务、发展横向经济联合、发展农副产品加工业、发展多种经营、发展农村商业网点、发展教育和科技事业，推广经营、价格、用工、分配放开，促进原有管理体制和经营机制变化，强化为农服务办社宗旨，探索为农服务新路。1988年，全省有10多个县以上供销社试点向经济实体转化。
1992年，全省供销社系统确定414个独立核算单位开展经营、价格、用工、分配“四放开”试点。至年底，“四放开”面逾80％。对经营困难的基层生活资料经营门点及边、小、微、亏企业，引进个体经营，推行招标承包、风险抵押、抽本承包、全奖全赔等新责任制形式，基本做法是“两全、四定、五自、一上交”，即全员风险抵押、全额铺底金分期抽本承包，定承包责任单位（柜组、门点）、人员、经营场地、铺底商品资金，招标承包利润标底（含利、税、应提应付费用），自主经营、自行作价、自由组合、自筹部分经营资金、自负经营风险和盈亏责任，上交承包费。探索生产要素重组，加快企业走向市场。5月27日，省政府批准安徽省供销社成立安徽省供销商业总公司的改革方案，7月25日，安徽省供销商业总公司正式成立。至年底，全省50％以上地、市、县供销社增挂供销商业总公司的牌子，兴办实体，分流人员。颍上县麻纺厂全部资产为2279万元，负债为7537万元，向县法院申请并获准依法破产。和县乌江轧花厂依法兼并面临倒闭的乌江供销社。1993年，全省供销社系统改革以产权制度为主要内容，加快企业转换经营机制。全省县以上供销社实行内部机构改革的达60家，占66.7％；分流约600人，新办实体83个。省供销社机关由149人减为57人，原14个处室减为5个部（室、处）。在“边、小、微、亏”的工业品零售门点、柜组实行“社有民营”，基本做法是“四自双包”：自主经营、自筹资金、自担风险、自负盈亏，包上缴、包税费。全省系统实行“社有民营”企业达1350个，占54％；涉及营业网点112万个、职工4万人；收回商品资金225亿元，收回租金8700万元。在12个企业进行股份制和股份合作制试点，总股本1339万元，其中原企业及职工股891万元，其他法人参股448万元。进行试点的企业当年产值6093万元，利润785万元，税收500余万元。 1994年6月中旬和8月初，省供销社组织部室、直属单位和地、市供销社负责人赴江苏南部考察学习，增强改革意识。全省县以上供销社加强机关内部改革，80％县以上供销社成立集团或总公司，兴办实体、分流人员。完善“边、小、微、亏”工业品零售门点、柜组的“社有民营”改革，强化管理，加大抽本和收缴力度，初步制止效益滑坡，增强基层社活力。在100家企业进行股份合作制试点。 1995年3月，中共中央、国务院发出《关于深化供销合作社改革的决定》。5月，中华全国供销合作总社第二次全国代表大会在北京召开。全省供销社加快改革步伐，探索把供销社办成农民的合作经济组织，兴办专业合作社，召开社员代表大会，扩大农民入社股金，扩大供销社民办因素。各地供销社采取多种形式宣传供销合作社，扩大知名度，增强各级政府和有关部门对供销社的了解、支持。全省供销社调整经营战略，转变营销方式，经济增长由单一流通型向多元化经营方面转变。1997年，全省供销社围绕“把供销合作社真正办成农民的合作经济组织”的改革目标，推进企业改制，探索供销社经济有效实现形式。7月，省供销社在来安县召开改制工作座谈会，明确改制原则是：供销合作社的性质、宗旨和隶属关系不变，保证供销合作社社有资产保值增值，保证对承担政府职能的两大支柱行业的绝对控股权。改制形式主要有股份有限公司、有限责任公司、股份合作制等。对一些连续亏损、扭亏无望、濒临倒闭的小企业、小门点进行拍卖、租赁等。全省系统参加改制企业达436个，占全部企业的17.20％，其中基层社165个，占基层社总数的11％。改制企业中，供销社资本为4.67亿元，吸收个人股本60.08万元。改制后企业稳定发展，基层社生活资料门点租赁承包不断完善。 2000年，省供销社推行以社企职能分开为目标的改革，省社机关处室由9个调整为8个，人员由89人减至57人。至年底，全省供销社改制、改组企业为663个，占全部社属企业27％；其中，进行股份有限公司改制的企业20个，改为有限责任公司的企业178个，进行股份合作制改造的企业178个，停业或歇业的企业250个，出售、破产或解体的企业37个。供销社企业在经营形式上主要有5种：实行承包经营的企业856个，实行租赁经营的企业190个，实行托管的企业164个，实行合作方式经营的企业28个，实行任期目标责任制的企业924个。部分基层社通过存量资产增值和对闲置资产、低效资产处置获得改制成本，推动企业改造。长期以来因为人员过多而制约发展的包袱得以减轻。全省系统当年解除劳动关系的职工人数为7594人，重新安置职工2.18万人，实行内部退养的职工6317人。以产权为纽带，构筑全资、控股、参股的企业组织框架；以抓主要商品经营和培育骨干龙头企业为重点，建立社有资产的进退机制；以建立法人治理结构为目标，形成社有资产新的管理体制，改变过去供销社对直属企业权力无限、责任无限的大包大揽体制，控制风险责任；建立新型的劳动关系，干部能上能下，人员能进能出，分配能高能低，职工责任心增强。改善资产质量，改变社有企业是供销社全资企业的单一所有制格局，推进投资主体多元化。是年起，在直属企业中，启动安徽省茶叶公司改制，将其改为有限责任公司，省社入股222万元，占总股本37.44％，公司职工入股371万元，占总股本62.56％。组建兴农土产日杂有限责任公司，总股本106万元，省社入股50万元，占47.17％，企业职工入投56万元，占50.83％。省农资公司、棉麻公司、再生资源公司、新世纪大厦等普遍进行内部经营机制转换。
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